In provincia di Ancona si trova il Parco Regionale Gola della Rossa e di Frasassi, che comprende anche un altrobiotopo di notevole interesse, la suggestiva Valle di Scappuccia. Nella Gola di Frasassi, il fiume Sentino ha scavato il proprio percorso, originando un complesso sistema ipogeo, conosciuto come Grotte di Frasassi, divenuto fra i più interessanti al mondo, tanto da attirare ogni anno migliaia di visitatori.
Sempre nell'area Frasassi si registrano alcune delle tracce più antiche della presenza umana (Grotta del Prete di Pianello di Genga) che possono essere rinvenute anche nella grotta di S. Eustachio, nei pressi di S. Severino Marche, nella grotta dei Frati nelle Gole del Fiastrone, in quella di Soffiano vicino Sarnano ed in numerose altre.
Vicino Jesi, lungo il corso del fiume Esino, si può visitare la Riserva Naturale di Ripa Bianca. Più a sud, in provincia di Macerata, si trovano la Riserva Naturale Abbadia di Fiastra e la Riserva Naturale integrale Montagna di Torricchio. La prima conserva un paesaggio agrario che ha mantenuto nel tempo segni e ambienti di tipo medievale, ivi compresa la monumentale abbazia realizzata dai monaci cistercensi nel 1142, "cavando" le pietre dall'antica città romana di Urbs Salvia. Il valore naturalistico dell'area è determinato da un bosco planiziario, in cui il cerro è la specie prevalente. La Riserva Naturale di Torricchio invece, nei pressi del Parco Nazionale dei Monti Sibillini, ha una superficie di 317 ettari, tutela un paesaggio tipico dell'alta collina marchigiana ed è stata riconosciuta quale riserva biogenetica del Consiglio d'Europa.